PhiFold：基于物理结构协方差建模的动态蛋白质设计框架

PhiFold 框架实现了蛋白质骨架与其二阶动力学的联合生成，通过残基位移协方差对平衡态动力学进行紧凑且具物理约束的建模。该框架将动力学解耦为局部柔性、低秩集体运动表示与残基级集体参与度三个组件，并组装为正定协方差矩阵。PhiFold 提升了局部波动和长程残基耦合的恢复能力，并支持在保持骨架可设计性的同时双向控制残基柔性。